【男子】
| 50m自由形 | 森山 遼 | 22.55 | 国民スポーツ大会 | SAGAアクア | 2024年9月 |
| 100m自由形 | 川内 勇輝 | 49.58 | 日本学生選手権 | 辰巳国際水泳場 | 2008年9月 |
| 200m自由形 | 増居 智大 | 1:50.86 | 日本学生選手権 | アクアドーム | 2009年9月 |
| 400m自由形 | 増居 智大 | 3:52.90 | 日本学生選手権 | アクアドーム | 2009年9月 |
| 1500m自由形 | 園中 良次 | 15:20.29 | 日本学生選手権 | 辰巳国際水泳場 | 2007年9月 |
| 100m背泳ぎ | 山野井 健太 | 55.63 | 日本学生選手権 | 相模原 | 2004年9月 |
| 200m背泳ぎ | 山野井 健太 | 2:01.26 | 日本学生選手権 | 相模原 | 2004年9月 |
| 100m平泳ぎ | 原口 拓也 | 1:00.31 | 日本学生選手権 | 辰巳国際水泳場 | 2019年9月 |
| 200m平泳ぎ | 濱本 周樹 | 2:11.82 | 日本学生選手権 | 辰巳国際水泳場 | 2021年10月 |
| 100mバタフライ | 早田 昌太郎 | 53.48 | 長崎県選手権 | 長崎市民プール | 2021年7月 |
| 200mバタフライ | 坂口 征司 | 1:59.00 | 日本学生選手権 | 辰巳国際水泳場 | 2008年9月 |
| 200m個人メドレー | 池田 裕二郎 | 2:03.02 | 日本学生選手権 | アクアドーム | 2009年9月 |
| 400m個人メドレー | 池田 裕二郎 | 4:21.93 | 日本選手権 | 浜松総合 | 2009年4月 |
| 400mメドレーリレー | 三原・濱本 早田・濱野 | 3:42.15 | 日本学生選手権 | 辰巳国際水泳場 | 2021年10月 |
| 400mリレー | 川内・堀田 曽我・塔本 | 3:23.94 | 日本学生選手権 | 辰巳国際水泳場 | 2008年9月 |
| 800mリレー | 広田・塩崎 池田・阪口 | 7:30.13 | 日本学生選手権 | 辰巳国際水泳場 | 2008年9月 |
【女子】
| 50m自由形 | 浦田 奈々美 | 26.10 | 日本選手権 | 辰巳国際水泳場 | 2003年4月 |
| 100m自由形 | 川野 由夏 | 57.37 | 長崎県選手権 | 長崎市民プール | 2012年7月 |
| 200m自由形 | 岡本 佐知子 | 2:01.03 | 日本学生選手権 | アクアドーム | 2009年9月 |
| 400m自由形 | 岡本 佐知子 | 4:14.25 | 日本学生選手権 | アクアドーム | 2009年9月 |
| 800m自由形 | 甲斐 成美 | 8:43.84 | 九州学生選手権 | 佐賀総合 | 2010年6月 |
| 100m背泳ぎ | 田中 真央 | 1:02.99 | 九州学生選手権 | 別府市営青山 | 2016年7月 |
| 200m背泳ぎ | 田中 真央 | 2:16.44 | 九州学生選手権 | 別府市営青山 | 2016年7月 |
| 100m平泳ぎ | 松尾 莉子 | 1:10.72 | 国民体育大会 | 長崎市民プール | 2014年9月 |
| 200m平泳ぎ | 松尾 莉子 | 2:31.10 | 日本学生選手権 | 横浜国際水泳場 | 2014年9月 |
| 100mバタフライ | 黒木 綾乃 | 59.06 | 日本学生選手権 | 辰巳国際水泳場 | 2008年9月 |
| 200mバタフライ | 黒木 綾乃 | 2:11.10 | 日本学生選手権 | 辰巳国際水泳場 | 2008年9月 |
| 200m個人メドレー | 川野 由夏 | 2:15.10 | 日本選手権 | ダイエープロビス フェニックス | 2013年4月 |
| 400m個人メドレー | 川野 由夏 | 4:50.90 | 九州学生選手権 | 佐賀総合 | 2010年6月 |
| 400mメドレーリレー | 宮脇・松尾 氏平・川野 | 4:12.17 | 日本学生選手権 | ビッグウェーブ | 2013年9月 |
| 400mリレー | 田中・徳重 江郷・藤 | 3:52.59 | 日本学生選手権 | ラクタブプール | 2017年9月 |
| 800mリレー | 甲斐・岡本 濱田・川野 | 8:17.12 | 九州学生選手権 | 佐賀総合 | 2010年6月 |